Manuel Antunes nasce na Beira Baixa. Em 1931 ingressa no Seminário Menor da Companhia de Jesus (Guimarães), onde revela grandes dotes de estudo. Com 18 anos entra no noviciado da companhia de Jesus em Alpendurada (Marco de Canaveses), e torna-se membro oficial da Congregação de Santo Inácio de Loyola. Após completados os estudos humanísticos, dedicou-se à Literatura e Cultura Grega e Latina. Matricula-se no Instituto Superior Beato Miguel de Carvalho (depois, Faculdade de Filosofia de Braga), e licencia-se em Filosofia (1943). Termina com distinção o curso de Filosofia, e foi chamado a ensinar Língua e Cultura Latina e Grega aos jovens estudantes da sua Ordem Religiosa. De 1946 a 1950 frequentou a Faculdade de Teologia de Granada (Espanha), tendo completado a sua formação religiosa em Namur (Bélgica). Foi ordenado sacerdote ainda antes de concluir Teologia, como era hábito na Companhia de Jesus. Em 1951-1952, ensinou Língua e Cultura Grega e Latina no Curso Superior de Letras da Companhia de Jesus. Em 1955, trabalhou na redacção da revista Brotéria, de que era colaborador desde 1940. Dedica-se a temas culturais, pedagógicos e filosóficos, bem como à crítica literária. Muitos dos seus artigos estão assinados com mais de 120 pseudónimos (Horácio Alves, Licínio Alves, Carlos do Amaral, Luís Dias Bivar, Jorge de Castro, Santana Claro). Entre 1965 e 1982, assumiu a direcção da Brotéria (com uma breve interrupção entre 1972 e 1975). Em 1957, foi convidado pelo professor Vitorino Nemésio (director da Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa), a leccionar as cadeiras de História da Cultura Clássica e de História da Civilização Romana. Regerá também a cadeira de Filosofia Antiga e Ontologia. Foi admitido como sócio correspondente da Academia de Ciências de Lisboa e, em 1981, recebe o título de Doutor Honoris Causa da Universidade de Lisboa e, dois anos mais tarde, a condecoração de Grande Oficial da Ordem Militar de Santiago da Espada.